Tärkein ero X-inaktivaation ja genomipainatuksen välillä on se, että X-inaktivaatio on prosessi, jossa yksi X-kromosomikopio inaktivoidaan joillakin naisilla, kun taas genomipainatus on prosessi, joka riippuu alkuperästä ja on kopio geenit ilmentyvät eri tavoin.
X-inaktivaatio ja genominen jälki ovat kaksi prosessia, jotka voivat johtaa monoalleaaliseen ilmentymiseen. Yksinkertaisesti sanottuna molemmat ilmiöt aiheuttavat yhden geenikopion sammuttamisen. Genomipainanta tapahtuu tietyissä geeneissä, kun taas X-inaktivaatio aiheuttaa geenien inaktivaation koko X-kromosomissa. Molemmat prosessit johtavat kuitenkin vähentyneeseen geeniekspressioon.
