Tärkein ero UPGMA: n ja naapurin liittymispuun välillä on kustakin menetelmästä johtuva filogeneettisen puun tyyppi. UPGMA on juurtuneen filogeneettisen puun rakentamisen tekniikka, kun naapurin liittyminen puuhun on tekniikka juurtumattoman filogeneettisen puun rakentamiseksi.
Fylogeneettiset puut ovat puumaisia kaavioita, jotka osoittavat organismien välisiä evoluutiosuhteita. Fylogeneettisellä puulla voi olla erilaiset topologiat puun rakentamiseen käytetyn tekniikan mukaan. UPGMA ja naapuriliitospuu ovat kaksi päämenetelmää filogeneettisten puiden rakentamiseksi.