Keskeinen ero bakterioksiinin ja antibiootin välillä on, että bakteriiini on proteiinimyrkky, jota bakteerit tuottavat läheisesti läheistä bakteerikantaa vastaan, kun taas antibiootti on antibakteerinen aine ja sekundaarinen metaboliitti, joka tappaa tai estää bakteerien kasvua.
Mikrobilääkkeillä on kyky tappaa patogeenisiä mikro-organismeja tai hidastaa niiden kasvua ja lisääntymistä. Mikrobilääkkeet voivat olla antibakteerisia, sienilääkkeitä tai viruslääkkeitä. Antibakteeriset aineet tai antibiootit toimivat bakteereja vastaan, kun taas sienilääkkeet vaikuttavat patogeenisiin sieniin. Viruslääkkeet tappavat viruksia. Siksi antibiootit ovat tehokkaimpia antibakteerisia aineita, joita voidaan käyttää bakteeri-infektioiden torjunnassa. Bakteriosiini on proteiinipitoinen toksiini, jonka bakteerit tuottavat. Se toimii läheisiä bakteerikantoja vastaan. Siten sekä antibiootilla että bakteriosiinilla on antibakteerinen vaikutus.
