Tärkein ero jäkälän ja mycorrhizan välillä on, että jäkälä on keskinäinen assosiaatio, joka esiintyy levien / sinilevän ja sienten välillä, kun taas mykoriisa on eräänlainen keskinäinen assosiaatio, joka esiintyy korkeamman kasvin juurien ja sienen välillä.
Keskinäisyys on yksi kolmesta symbioosityypistä, joita esiintyy kahden eri organismilajin välillä. Toisin kuin kaksi muuta tyyppiä, molemminpuolisuus hyödyttää molempia yhdistyksessä olevia kumppaneita. Jäkälä ja mycorrhizae ovat kaksi yleistä esimerkkiä keskinäisistä assosiaatioista. Molemmat ovat ekologisesti tärkeitä suhteita. Kaksi jäkälän osapuolta ovat levät tai syanobakteerit ja sienet. Toisaalta kaksi mykorritsan osapuolta ovat korkeamman kasvin juuret ja sieni.
