Keskeinen ero heterokromatiinin ja eukromatiinin välillä on se, että heterokromatiini on kromatiinin erittäin pakattu muoto, joka on yleensä inaktiivinen, kun taas eukromatiini on löysästi pakattu kromatiinin muoto, joka on yleensä aktiivinen.
Kromatiini on rakenne, joka pitää kromosomin DNA-juosteen. Heterokromatiini ja eukromatiini ovat kaksi pääkromatiinityyppiä, joita on soluissa. Heterokromatiinin ja eukromatiinin välillä on ero rakenteeltaan ja toiminnaltaan. Lisäksi ne eroavat myös transkriptio- ja replikaatio-ominaisuuksista.