Keskeinen ero ribotsyymien ja proteiinientsyymien välillä on, että ribotsyymit ovat RNA-molekyylejä, jotka kykenevät katalysoimaan tiettyjä erityisiä biokemiallisia reaktioita, kun taas proteiinientsyymit ovat proteiinimolekyylejä, jotka pystyvät katalysoimaan suurimman osan elävissä organismeissa esiintyvistä biokemiallisista reaktioista.
Entsyymit ovat biologisia katalyyttejä, ja ne nopeuttavat biokemiallisten reaktioiden nopeutta. Yleensä kaikki entsyymit ovat aminohapoista koostuvia proteiineja. Siksi niitä kutsutaan myös proteiinientsyymeiksi. On kuitenkin olemassa spesifisiä RNA-molekyylejä, jotka voivat toimia tiettyjen biokemiallisten reaktioiden katalysaattoreina. Ne ovat ribotsyymejä tai ribonukleiinihappoentsyymejä. Siksi sekä ribotsyymit että proteiinientsyymit suorittavat saman tehtävän kuin biokemiallisten reaktioiden katalysointi.
