Keskeinen ero koentsyymin ja kofaktorin välillä on se, että koentsyymit ovat orgaanisia molekyylejä, kun taas kofaktorit voivat olla joko orgaanisia tai epäorgaanisia molekyylejä.
Entsyymit ovat välttämättömiä biologisia makromolekyylejä. Ne ovat biologisia katalyyttejä, mikä lisää biologisten reaktioiden nopeutta hyvin lievissä olosuhteissa. Lisäksi entsyymit ovat proteiineja; siis kun ne altistuvat korkealle lämmölle, suolapitoisuuksille, mekaanisille voimille, orgaanisille liuottimille ja väkevöityille happo- tai emäsliuoksille, ne pyrkivät denaturoitumaan. Joskus entsyymit tarvitsevat toisen molekyylin tai ionin tukea, jotta niillä olisi erityinen tehtävä. Koentsyymit ja kofaktorit ovat sellaisia molekyylejä.
