Keskeinen ero glyoksisomien ja peroksisomien välillä on, että glyoksisomeja on läsnä vain kasvisoluissa ja rihmasienissä, kun taas peroksisomeja on läsnä melkein kaikissa eukaryoottisoluissa. Glyoksisomeja on runsaasti itävien siementen kasvisoluissa, kun taas peroksisomeja on runsaasti maksa- ja munuaissoluissa.
Nämä kaksi organellia ovat mikrokappaleita, joita esiintyy eukaryoottisoluissa. Glyoksysomit ovat erikoistuneita peroksisomeja, joita esiintyy vain kasvisoluissa ja rihmasienissä. Peroksisomit ovat organelleja, jotka auttavat hajottamaan pitkiä rasvahappoketjuja ja puhdistamaan solua. Ne hajottavat alkoholeja ja muita haitallisia yhdisteitä.