Tärkein ero - Microarray vs. RNA-sekvensointi
Transkripti edustaa solussa läsnä olevan RNA: n koko sisältöä, mukaan lukien mRNA, rRNA, tRNA, hajonnut RNA ja hajoamaton RNA. Transkriptoinnin profilointi on tärkeä prosessi solunäkemysten ymmärtämiseksi. Transkriptioprofilointiin on useita edistyneitä menetelmiä. Microarray- ja RNA-sekvensointi ovat kahden tyyppisiä tekniikoita, jotka on kehitetty transkription analysointiin. Keskeinen ero mikrosirun ja RNA-sekvensoinnin välillä on, että mikrorake perustuu ennalta suunniteltujen leimattujen koettimien hybridisaatiopotentiaaliin cDNA-kohdesekvensseillä, kun taas RNA-sekvensointi perustuu cDNA-säikeiden suoraan sekvensointiin edistyneillä sekvensointitekniikoilla, kuten NGS. Microarray suoritetaan etukäteen tietäen sekvensseistä ja RNA-sekvensointi suoritetaan ilman etukäteen tietoa sekvensseistä.
SISÄLLYSLUETTELO
1. Yleiskatsaus ja keskeinen ero
2. Mikä on Microarray
3. Mikä on RNA-sekvensointi
4. Vertailu rinnakkain - Microarray vs RNA-sekvensointi
5. Yhteenveto
Mikä on Microarray?
Microarray on vankka, luotettava ja korkean suorituskyvyn menetelmä, jota tutkijat käyttävät transkriptioprofilointiin. Se on suosituin tapa transkriptioanalyysiin. Se on edullinen menetelmä, joka riippuu hybridisaatiokoettimista.
Tekniikka alkaa mRNA: n uuttamisesta näytteestä ja cDNA-kirjaston rakentamisesta kokonais-RNA: sta. Sitten se sekoitetaan fluoresoivasti leimattujen ennalta suunniteltujen koettimien kanssa kiinteälle pinnalle (pistematriisi). Täydentävät sekvenssit hybridisoituvat mikrokartassa olevien leimattujen koettimien kanssa. Sitten mikroharja pestään ja seulotaan, ja kuva kvantifioidaan. Kerätyt tiedot tulisi analysoida suhteellisten ilmentymisprofiilien saamiseksi.
Mikroseurakoettimien intensiteetin oletetaan olevan verrannollinen näytteessä olevien transkriptioiden määrään. Menetelmän tarkkuus riippuu kuitenkin suunnitelluista koettimista, ennalta tiedetystä sekvenssin sekvenssistä ja affiniteetista hybridisaatioon. Siksi mikrosirutekniikalla on rajoituksia. Microarray-tekniikkaa ei voida suorittaa alhaisen runsauden transkripteilla. Se ei erota isoformeja ja tunnista geneettisiä variantteja. Koska tämä menetelmä riippuu koettimien hybridisaatiosta, mikrosirutekniikassa esiintyy joitain hybridisaatioon liittyviä ongelmia, kuten ristihybridisaatio, epäspesifinen hybridisaatio jne.
Kuva 01: Microarray
Mikä on RNA-sekvensointi?
RNA-haulikko-sekvensointi (RNA-seq) on äskettäin kehitetty koko transkriptiosekvensointitekniikka. Se on nopea ja korkean suorituskyvyn menetelmä transkriptioprofilointiin. Se kvantifioi suoraan geenien ilmentymisen ja johtaa transkription syvään tutkimiseen. RNA-sekvenssi ei riipu ennalta suunnitelluista koettimista tai sekvenssien aikaisemmasta tiedosta. Siksi RNA seq -menetelmällä on suuri herkkyys ja kyky tunnistaa uudet geenit ja geneettiset variantit.
RNA-sekvensointimenetelmä suoritetaan useiden vaiheiden kautta. Solun kokonais-RNA on eristettävä ja fragmentoitava. Sitten, käyttäen käänteistranskriptaasia, on valmistettava cDNA-kirjasto. Jokainen cDNA-juoste on ligoitava adapterien kanssa. Sitten ligatoidut fragmentit on monistettava ja puhdistettava. Lopuksi käyttämällä NGS-menetelmää, cDNA: n sekvensointi on suoritettava.
Kuva 02: RNA-sekvensointi
Mikä on ero Microarray- ja RNA-sekvensoinnin välillä?
Erilainen artikkeli keskellä taulukkoa
Microarray vs. RNA-sekvensointi |
|
| Microarray on vankka, luotettava, suuritehoinen menetelmä. | RNA-sekvensointi on tarkka ja suuritehoinen menetelmä. |
| Kustannus | |
| Tämä on edullinen menetelmä. | Tämä on kallis menetelmä. |
| Suuren määrän näytteiden analysointi | |
| Tämä helpottaa suuren määrän näytteiden analysointia samanaikaisesti. | Tämä helpottaa suuren määrän näytteiden analysointia. |
| Tietojen analysointi | |
| Tietojen analysointi on monimutkaista. | Tällä menetelmällä tuotetaan enemmän tietoja; siten prosessi on monimutkaisempi. |
| Ennakkotietoja sekvensseistä | |
| Tämä menetelmä perustuu hybridisaatiokoettimiin, joten tarvitaan edeltävä tieto sekvensseistä. | Tämä menetelmä ei riipu aikaisemmasta sekvenssitiedosta. |
| Rakenteelliset muunnelmat ja uudet geenit | |
| Tällä menetelmällä ei voida havaita rakenteellisia vaihteluita ja uusia geenejä. | Tämä menetelmä voi havaita rakenteellisia variaatioita, kuten geenien fuusiointi, vaihtoehtoinen silmukointi ja uudet geenit. |
| Herkkyys | |
| Tämä ei voi havaita eroja isoformien ilmentymisessä, joten sillä on rajoitettu herkkyys. | Tällä on suuri herkkyys. |
| Tulokset | |
| Tämä voi johtaa vain suhteellisiin lauseketasoihin. Tämä ei anna absoluuttista kvantifiointia geeniekspressiossa. | Se antaa absoluuttisen ja suhteellisen ilmentymistason. |
| Tietojen uudelleenanalyysi | |
| Tämä on suoritettava uudelleen analysoimiseksi. | Sekvensointitiedot voidaan analysoida uudelleen. |
| Erityishenkilöstön ja infrastruktuurin tarve | |
| Erityistä infrastruktuuria ja henkilökuntaa ei tarvita mikrosiruille. | RNA-sekvensoinnin edellyttämä erityinen infrastruktuuri ja henkilöstö. |
| Teknisiä ongelmia | |
| Microarray-tekniikalla on teknisiä kysymyksiä, kuten ristihybridisaatio, epäspesifinen hybridisaatio, yksittäisten koettimien rajoitettu havaitsemisnopeus jne. | RNA-seq-tekniikalla vältetään tekniset ongelmat, kuten ristihybridisaatio, epäspesifinen hybridisaatio, yksittäisten koettimien rajoitettu havaitsemisnopeus jne. |
| Biases | |
| Tämä on puolueellinen menetelmä, koska se riippuu hybridisaatiosta. | Bias on pieni verrattuna mikrorakeeseen. |
Yhteenveto - Microarray vs. RNA-sekvensointi
Microarray- ja RNA-sekvensointimenetelmät ovat suuritehoisia alustoja, jotka on kehitetty transkriptioprofilointiin. Molemmat menetelmät tuottavat tuloksia, jotka korreloivat voimakkaasti geeniekspressioprofiilien kanssa. RNA-sekvensoinnilla on kuitenkin etuja mikrorakeisiin verrattuna geeniekspressioanalyysissä. RNA-sekvensointi on herkempi menetelmä pienen runsauden transkriptien havaitsemiseksi kuin mikrorake. RNA-sekvensointi mahdollistaa myös isoformien erottamisen ja geenimuunnelmien tunnistamisen. Mikrosiru on kuitenkin useimpien tutkijoiden yleinen valinta, koska RNA-sekvensointi on uusi ja kallis tekniikka, johon sisältyy tietojen tallentamisen haasteita ja monimutkainen data-analyysi.
