Keskeinen ero ehdokasgeenin ja GWAS: n välillä on se, että ehdokasgeenilähestymistapa tutkii geneettistä vaihtelua pienessä määrässä ennalta määriteltyjä kiinnostavia geenejä, kun taas GWAS tutkii koko genomin yhteisen geneettisen vaihtelun suhteen tietyn taudin takana.
Ehdokasgeenilähestymistapa ja genominlaajuiset assosiaatiotutkimukset (GWAS) ovat kaksi menetelmää, jotka ovat tärkeitä geneettisen alttiuden havaitsemiselle sairauksille. Ehdokasgeenien lähestymistapa perustuu ennalta määriteltyyn pieneen määrään geenejä, kun taas GWAS perustuu koko genomin testaamiseen. Siksi ehdokasgeenien lähestymistapa edellyttää ennakkotietoa taudin kannalta merkityksellisistä geeneistä, toisin kuin GWAS.