Keskeinen ero QTL: n ja GWAS: n välillä riippuu analyysissä käytettyjen sekvenssien tyypistä. QTL käyttää kytkentägeenilokeja polygeeniseen perintöön liittyvien fenotyyppisten ominaisuuksien analysointiin, kun taas GWAS käyttää kokonaisia genomisekvenssejä tietyn tilan yksittäisten nukleotidipolymorfismien analysointiin.
QTL-kartoilla ja GWAS: lla on tärkeä rooli eri ominaisuuksien geneettisissä analyyseissä. Lisäksi ne ovat tärkeitä analysoitaessa erilaisia tautiolosuhteita, joiden etiologiaa ei tunneta. Lisäksi sekvensoinnilla on keskeinen rooli molemmissa tekniikoissa. Nämä tekniikat voidaan edelleen yhdistää muihin suuritehoisiin tekniikoihin tarkkuuden ja tarkkuuden lisäämiseksi.
