Tärkein ero BLASTin ja FastA: n välillä on se, että BLAST on peruskohdistustyökalu, joka on saatavana National Center for Biotechnology Information -sivustolta, kun taas FastA on samankaltaisuuden hakutyökalu, joka on saatavana Euroopan bioinformatiikan instituutin verkkosivustolta.
BLAST ja FastA ovat kaksi ohjelmistoa, jota käytetään laajalti vertaamaan eri lajien DNA: n, aminohappojen, proteiinien ja nukleotidien biologisia sekvenssejä ja etsimään niiden yhtäläisyyksiä. Nämä algoritmit kirjoitettiin pitäen mielessä nopeus. Koska tutkijat pystyivät eristämään DNA: n laboratoriossa 1980-luvun puolivälissä, se herätti tarvetta vertailla ja löytää identtisiä geenejä jatkotutkimuksia varten suurella nopeudella. Nämä kaksi ohjelmistoa kehitettiin siten, että käyttäjä voi etsiä nopeasti samankaltaisia sekvenssejä kyselysekvenssiensä kanssa.
BLAST on lyhenne sanoista Local Local Alignment Search Tool ja käyttää lokalisoitua lähestymistapaa kahden sekvenssin vertailussa. FastA on nopeaan A viittaava ohjelmisto, jossa A tarkoittaa kaikkia. Tässä ohjelmisto toimii aakkosien kanssa, kuten Fast A DNA-sekvensointia varten ja Fast P proteiinia varten. Sekä BLAST että FastA ovat erittäin nopeita verrattaessa mitä tahansa genomitietokantaa, ja ovat siten erittäin elinkelpoisia sekä rahallisesti että ajansäästössä.
