Tärkein ero valojärjestelmän 1 ja valojärjestelmän 2 välillä on se, että valojärjestelmässä 1 on reaktiokeskus, joka koostuu klorofylli P700-molekyylistä, joka absorboi valoa 700 nm: n aallonpituudella. Toisaalta valojärjestelmässä II on reaktiokeskus, joka käsittää klorofylli P680-molekyylin, joka absorboi valoa aallonpituudella 680 nm.
Valosysteemit ovat kokoelma klorofyllimolekyylejä, lisä pigmenttimolekyylejä, proteiineja ja pieniä orgaanisia yhdisteitä. Valosysteemejä on kaksi; fotosysteemi I (PS I) ja fotosysteemi II (PS II), joita esiintyy kasvien kloroplastien tyliakoidikalvoissa. Molemmat suorittavat fotosynteesin kevyen reaktion. Vastaavasti kasvit tarvitsevat olennaisesti molempia valojärjestelmiä. Se johtuu siitä, että veteen irrotettavat elektronit vaativat enemmän energiaa kuin valolla aktivoitava valojärjestelmä, jonka voin toimittaa. Näin ollen fotosysteemi II voi absorboida lyhyemmän aallonpituuden (korkeampi energia) valon ja kytkeytyä rinnakkain PS I: een, mikä mahdollistaa ei-syklisen elektronivirtauksen.
