Keskeinen ero cis- ja trans-rasvahappojen välillä on se, että cis-rasvahapoissa on kaksi vetyatomia, jotka ovat kiinnittyneet kaksoissidokseen hiiliketjun samalla puolella, kun taas trans-rasvahapoissa kaksi vetyatomia on sitoutunut kaksoissidokseen päinvastoin hiiliketjun sivuilla.
Rasvahapot ovat karboksyylihappoja, jotka sisältävät pitkiä alifaattisia hiiliketjuja, jotka ovat joko tyydyttyneitä tai tyydyttymättömiä. Tämä tarkoittaa, että alifaattinen ketju voi sisältää tai olla sisältämättä kaksoissidoksia hiiliatomien välillä. Cis- ja trans-rasvahapot ovat tyydyttymättömien rasvahappojen kahta muotoa.
