Keskeinen ero peptidin ja dipeptidin välillä on se, että peptidi on lyhyt aminohappoketju, joka yhdistää toisiinsa peptidisidosten kautta, kun taas dipeptidi on peptidimuoto, jossa on joko kaksi aminohappoa yhdistettynä yksittäiseen peptidisidokseen tai yksi aminohappo kaksi peptidisidosta.
Aminohapot ovat proteiinien rakennuspalikoita. Siksi ne muodostavat peptidisidoksia toistensa kanssa muodostaen lyhyet aminohappoketjut; me kutsumme niitä "peptideiksi". Pitkät ja jatkuvat peptidiketjut ovat”polypeptidejä”. Nämä polypeptidiketjut kytkeytyvät toisiinsa muodostaen proteiineja. Termi peptidi on yleinen termi, jota käytämme lyhyen aminohappoketjun nimeämiseen, mutta termi dipeptidi on erityinen termi, jota käytämme tietyn tyyppisten peptidien nimeämiseen.
