Tärkein ero pepsiinin ja proteaasin välillä on se, että pepsiini on yksi proteaasityyppi, kun taas proteaasi on entsyymi, joka pilkkää proteiinin aminohapoiksi.
Proteiinit ovat tärkeitä makromolekyylejä, jotka on valmistettu eri aminohapoista. Aminohapot ovat proteiinien rakennuspalikoita, ja ne polymeroituvat proteiineiksi amidisidoksilla. Jotkut entsyymit voivat hajottaa proteiinit aminohapoiksi, ja ne tunnetaan proteaaseina. On olemassa erityyppisiä proteaaseja, jotka eroavat hydrolyysimekanismin mukaan. Niistä pepsiini, joka on mahalaukun proteaasi, on yksi tällainen tyyppi.
