Tärkein ero MS: n ja borrelioosin välillä on, että borrelioosi on tartuntatauti, kun taas MS ei ole tulehdussairaus, jolla ei ole tarttuvaa alkuperää. Toisin sanoen multippeliskleroosi on krooninen autoimmuuninen T-soluvälitteinen tulehdussairaus, joka vaikuttaa keskushermostoon. Lymen tauti puolestaan johtuu Borrelia burgdoferi -nimisestä spiroketasta, joka pääsee ihmiskehoon täiden tai punkkien puremien kautta.
Sekä multippeliskleroosi että Lymen tauti ovat sairauksia, jotka voivat vaikuttaa neurologiseen järjestelmäämme.