Tärkeintä eroa syanobakteerien ja proteobakteerien välillä ei voida päätellä erikseen. Syanobakteerit, jotka tunnetaan sinilevinä, ovat kuitenkin täysin fotosynteettisiä, kun taas proteobakteerit muodostavat monenlaisia gramnegatiivisia organismeja, joista jotkut organismit ovat fotosynteettisiä.
Vaikka syanobakteereilla ja proteobakteereilla on monia yhteisiä ominaisuuksia, fotosynteesikyvyn perusteella ne voivat poiketa toisistaan. Ne ovat kuitenkin sekä teollisesti tärkeitä organismeja että tauteja aiheuttavia organismeja.
