Keskeinen ero mesodermin ja mesenkyymin välillä on se, että mesodermi on yksi kahdenvälisesti symmetristen eläinten kolmesta alkukerroksesta, kun taas mesenkerma on erilaistumaton kudos, joka löytyy alkion todellisesta mesodermista.
Diploblastisissa eläimissä kehon suunnitelma on suhteellisen yksinkertainen kahdella solukerroksella. Kaksi kerrosta ovat ulompi ekodermi ja sisäinen endodermi. Ektodermisolut ovat ympäristöön päin, ja endodermisolut kohtaavat enteronia, joka on ontelo, jolla on yksi aukko ulkopuolelle. Aukko on suu. Lisäksi triploblastinen tila on tila, jossa alkioon kehitetään kolmas mesodermina tunnettu kerros. Mesoderm on ektodermin ja endodermin välissä, erottaen kaksi solukerrosta. Kolmas kerros on tärkeä keholle. Tietyissä eläimissä suuri osa mesodermistä pysyy erottamattomana ja muodostaa pakkauskudoksen, joka tunnetaan nimellä mesenkimmi, joka tukee ja suojaa kehon elimiä.
