Tärkein ero protostomien ja deuterostomien välillä on se, että protostomeissa blastoporeista tulee suu, kun taas deuterostomeissa siitä tulee peräaukko. Toinen merkittävä ero on, että protostomien alkioissa tapahtuu spiraalikatkaisu, kun taas deuterostomien alkioissa tapahtuu radiaalinen pilkkominen.
Näiden kahden termin ymmärtämisessä olisi tärkeää kiinnittää huomiota siihen, miten organismien alkionkehitys tapahtuu. Olisi erityisen tärkeää ottaa huomioon eläimet, joilla on koelomi, joka on nesteillä täytetty ontelo, joka on endodermin (suolisto) ja mesodermin (enimmäkseen lihaskerros) välissä; toisin sanoen coelom on nisäkkäiden vatsakalvo. Protostomit ja deuterostomit ovat kaksi pääasiallista koelomaattista eläintä, ja niiden välillä on monia eroja. Ne eroavat ensisijaisesti tavasta, jolla suu ja peräaukko muodostuvat alkion kehityksen aikana.
